解決方法:セーブスロットすべてにデータをセーブする(埋める)

例)
ロロナの場合、(セーブ選択画面)にデータ1~3がありますがその全てにセーブ。
その後、シンプルモードで実行したら反映されました。
(ちょっと前にFFEXで同じような現象がありそれを試しました)

もし、これでも解決しない場合は問い合わせたほうがいいかもしれませんね。
問い合わせ先電話番号、メールフォームはセーブエディタ公式ページにあります。